Die Abfallbehörde ist bei allen Fragen rund um das Thema Abfallrecht zuständig. Es gibt in Deutschland untere, obere und oberste Abfallbehörden. Die oberste Abfallbehörde ist in den Bundesländern meist jeweils das Umweltministerium. In den Stadtstaaten sind die Senatsverwaltung (Berlin), die Behörde für Stadtentwicklung und Umwelt (Hamburg) und der Senator für Bau, Umwelt und Verkehr (Bremen) die jeweilige oberste Abfallbehörde. Diese soll die Abfallwirtschaft in den jeweiligen Bundesländern politisch und konzeptionell weiterentwickeln. Dazu gehört die Gesetzgebung auf Landesebene sowie die Mitwirkung auf Bundesebene und die Aufsicht der untergeordneten Behörden.
Die oberen und unteren Abfallbehörden sind in den Bundesländern unterschiedlich ansiedelt. Häufig sind die Landesämter für Umwelt gleichzeitig die oberen Behörden. Die unteren Abfallbehörden sind meist die Landkreise und Kreisfreien Städte. Ihre Aufgabe ist der Vollzug der Rechtsprechung im Abfallbereich. Vielerorts gründen die Landkreise und Städte kommunale Entsorgungsunternehmen, um die abfallwirtschaftlichen Aufgaben zu erfüllen. Die unteren Abfallbehörden sind unter anderem für die Genehmigungsverfahren von neuen Anlagen zuständig und führen bei Ordnungswidrigkeiten im Bereich des Abfallrechts Bußgeldverfahren durch.